Monday, 27 July 2009

biomaRt

I use R and Bioconductor for most of my work. I am also increasingly replacing things I would have done before in Perl with R. One such example of this is the Bioconductor module biomaRt.

As the name suggest it allows for access to BioMart via R. BioMart is a method of accessing large online databases such as Ensembl. For example you may want to convert gene IDs from Entrez to Symbols, or retrieve 5kb upstream from the transcription start site of a list of genes etc etc. There are lots of things you can do with it.

biomaRt lets you do all this via R. This is particular appealing to me as I do differential gene expression analysis in R, so I have lists of genes already in R objects which I can retrieve lots of information about. Maybe I want all the GO annotations for a gene list, or to find a list of any SNPs within the coding region or something.

Anyway it is pretty useful, the documentation isn't bad either.

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/biomaRt.html

To give a brief example of how it works:

library(biomaRt)
ids <- c("7157","3845") ensembl = useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") seqs <- getSequence(id = ids, type = "entrezgene", seqType = "transcript_flank", upstream = 5000, mart = ensembl) seqs <- getSequence(id = ids, type = "entrezgene", seqType = "transcript_flank", upstream = 5000, mart = ensembl) exportFASTA(sequences=seqs,file="example.fas") library(xtable) results <- getGene(id=ids,type="entrezgene",mart=ensembl) print(xtable(results),type="html",file="Example.html")
This code will retrieve 5kb upstream of the transcription start sites of the two genes listed in the 'ids' list (though this could be a much longer list). It will then generate an html output file with information about these genes. Simple and effective.

The functions
  • listAttributes(ensembl)
  • listFilters(ensembl)
can be used to show the names of the things you can query and the things you can filter on.

You can also access lots of other databases, not just Ensemble as shown here.

Enjoy.

1 comment:



  1. Nhạc Thành hơi trầm sắc mặt xuống mà nói với Tử Điện Mãng, Khiếu Thiên Hổ đám người.

    - Vâng chủ nhân.

    Mười con ma thú đột nhiên phân tán.

    Thủ ấn của Nhạc Thành ngưng kết, một thân ảnh màu anh xuất hiện, chính là Yêu Huyên.

    - Yên tâm, có ta không cần phải lo lắng.

    Nhạc Thành không đội Yêu Huyên trả lời mà nhẹ nhàng nói.

    - Ừ.dongtam
    mu moi ra hom nay
    tim phong tro
    http://nhatroso.com/
    nhạc sàn
    tổng đài tư vấn luật
    văn phòng luật hà nội
    tổng đài tư vấn luật
    thành lập công ty trọn gói
    http://we-cooking.com/
    chém gió
    trung tâm tiếng anh

    Yêu Huyên nhẹ nhàng đáp, sau đó lập tức thả người về phía trước.

    - Ngao.

    Yêu Huyên mỉm cười gào thét, sau đó thân thể bát sí linh mãng xoay tròn ở trên không trung.

    Mà lúc này, trên người của Yêu Huyên đã tràn ngập khí tức cường hãn, cả bầu trời trở

    ReplyDelete